Dom José Carlos de Aguirre nasceu em 28 de abril de 1880, na fazenda Paraíso, pertencente ao município de Rio Claro. Eram seus pais: Francisco Leopoldo de Aguirre e dona Maria Ercília de Campos Aguirre.

Dom Aguirre era, portanto, rio-clarense, mas passou a primeira infância em São Carlos, cidade próxima à fazenda. Lá começou seus estudos primários com professores particulares.