Ainda não estava pacificada a situação quando aos índios em 1685: em 8 de março, tendo-se espalhado rumores de que o povo tentava outra vez expulsar os padres da Companhia, reuniram-se os homens bons da vila de São Paulo na casa do conselho e elegeram o Bispo D. José de Barros Alarcão (três anos em São Paulo) e o capitão-mor Pedro Taques de Almeida para tratarem com o provincial da Companhia, Alexandre de Gusmão, o meio de se concertarem. O Bispo e Taques se dirigiram ao colégio e acertaram com Gusmão que o «procurador da companhia de Jesus, que estava para ir a Roma, se encarregaria de solicitar e alcançar permissão para se poder ir ao sertão trazer índios ao grêmio da igreja e educá-los na fé, podendo deste modo os moradores possui-los e tê-los em seu poder.»