Depois da Proclamação da República, assumiu o governo do estado de São Paulo no triunvirato, no qual atuavam também Prudente de Morais e Francisco Rangel Pestana. Mais tarde foi eleito deputado da assembléia constituinte, representando o partido republicano.Joaquim de Sousa Mursa - 0/0/1889 - Joaquim de Sousa Mursa, formou a Junta Governativa de São Paulo - Prudente José de Morais e Barros Com a proclamação da República, ao lado de Francisco Rangel Pestana e de Joaquim de Sousa Mursa, formou a Junta Governativa de São Paulo (16/11 a 12/12/1889). Defensor das idéias republicanas, quando da proclamação da República em 15 de novembro de 1889, seu nome, juntamente com os de Prudente de Morais e Francisco Rangel Pestana, foi lembrado por Américo de Campos, irmão de Bernardino de Campos, para compor o triunvirato designado para governar São Paulo no novo regime. Os três foram unanimemente aclamados pelos republicanos, mas Mursa, ausente da capital – estava em Sorocaba dirigindo a Fábrica de Ipanema – só assumiria dias depois. Entre os atos que foram assinados pela junta estava a adesão do estado de São Paulo à República brasileira. A junta exerceu sua função por um curto período, de 16 de novembro a 14 de dezembro de 1889, quando o chefe do governo provisório da República, marechal Deodoro da Fonseca, resolveu nomear Prudente de Morais governador do estado.