Designado em 10 de outubro de 1866 para o comando das forças brasileiras, o marechal Luís Alves de Lima e Silva,[15] marquês e, posteriormente, Duque de Caxias. Assumiu suas funções em Tuiuti, em 19 de novembro, encontrando o exército praticamente paralisado. Os contingentes argentinos e uruguaios vinham sendo retirados aos poucos do exército dos aliados, assolado por epidemias. Desentendimentos entre Venâncio Flores (Uruguai) e Mitre (Argentina) e problemas internos fizeram ambos se retirarem do combate e voltarem a seus países, deixando o Brasil praticamente sozinho. Tamandaré foi substituído no comando da esquadra pelo almirante Joaquim José Inácio, futuro visconde de Inhaúma. Paralelamente, Osório organizou um 3.º corpo de exército no Rio Grande do Sul, com mais de cinco mil homens..[15] Na ausência de Mitre, Caxias assume o comando geral e providenciou a reestruturação do exército.