De acordo com registros históricos, o Esporte Clube São Bento foi fundado em 14 de setembro de 1913, na cidade de Sorocaba, interior do estado de São Paulo. Nascido sob o nome de Sorocaba Athletic Club, a agremiação passou a adotar a denominação atual em 18 de outubro de 1914. A motivação para tal mudança pode ter sido dois fatores: uma homenagem ao clube homônimo existente na capital paulista, e em destaque na época, ou o fato de o clube treinar em um campo localizado nos fundos do Mosteiro de São Bento, na região central da cidade.

Permanecendo amador e disputando campeonatos municipais e regionais durante quase 40 anos, a primeira partida oficial do clube como equipe profissional ocorreu no dia 10 de junho de 1953, com a vitória sobre a Ferroviária de Botucatu por 4 a 2, no Campeonato Paulista da Segunda Divisão. Nesse mesmo ano, a equipe enfrentou o primeiro desafio internacional, empatando com o time uruguaio Nacional de Montevidéu por 2 a 2, em Sorocaba.Em 1963, o Azulão chegou à Divisão Especial do futebol paulista, após conquistar o título da Primeira Divisão, atual Série A2. A final foi disputada em três jogos contra o América, sendo a partida decisiva realizada no estádio do Pacaembu, em São Paulo, na noite do dia 22 de fevereiro de 1963. O São Bento venceu a disputa por 2 a 1. Antes, houve empate sem gols no primeiro jogo, realizado em São José do Rio Preto, e por 1 a 1 no segundo, disputado em Sorocaba. Cerca de 3 mil torcedores sorocabanos foram acompanhar a decisão no Pacaembu. Caravanas foram formadas e até trens especiais colocados à disposição dos torcedores. A final entre as duas equipes, apesar de realizada em 1963, referia-se ao Campeonato de 1962.Foi na década de 1960 que o clube obteve suas melhores colocações no Campeonato Paulista. Logo no ano de estreia na Divisão Especial o São Bento terminou a competição na quarta colocação, à frente de Corinthians e Portuguesa. Nos anos de 1964, 65 e 68 ficou em sexto e em 1966, 67, 69 e 1970 em oitavo. Na elite do futebol paulista, o Esporte Clube São Bento permaneceu por 29 anos consecutivos, sendo rebaixado em 1991 e, na sequência, para a série A3.Durante todo esse tempo, inúmeros talentos foram lapidados no clube. Destacam-se, entre tantos, os jogadores Mickey, Pires, Luís Pereira, Paraná, Marinho Peres, Cabralzinho, Odair Patriarca, e Tupãzinho.Em 2001, os ventos voltaram a soprar em favor do Azulão com a conquista do título do Campeonato Paulista da Série A3. No ano seguinte, em 2002, mais um título. Com uma boa campanha, o São Bento chegou à decisão da Copa Estado de São Paulo e, por ter a vantagem de pontos no campeonato, garantiu a taça no dia 7 de dezembro de 2002, após dois empates contra o Jaboticabal.Em grande fase, a equipe conseguiu retornar à série principal do futebol paulista em 2005, quando venceu o Noroeste e conquistou uma das vagas para a Série A1. A permanência na elite durou apenas dois anos. Em 2007, o São Bento acabou sendo rebaixado novamente para a Série A2.A partir de 2013, ano de seu centenário, o clube inicia uma escalada sensacional. Em cinco anos o São Bento vai da Série A3 estadual à Série B do Campeonato Brasileiro. Campeão do terceiro escalão paulista nesta temporada, consegue o retorno à elite após a terceira colocação da Série A2 de 2014. De novo entre os grandes após pouco menos de uma década, o clube sorocabano chega às quartas de final de 2016, quando é eliminado pelo Santos, que seria campeão.A campanha, porém, garante ao time a volta ao cenário nacional com a classificação à Série D do Campeonato Brasileiro onde é semifinalista e conquista o acesso à Série C de 2017, quando novamente vai até a semifinal e conquista o retorno à Série B do Campeonato Brasileiro décadas depois.