A lei de 1611, além de restabelecer o direito à guerra justa em alguns casos (proibida por alvará de 1609, quetornara todos os índios livres), legalizava alguns casos de cativeiro (como o de condenados à morte ou a rituais de antropofagia) e retirava o poder temporal dos jesuítas sobre as aldeias (estabelecido temporariamente pelo mesmo alvará).

Criava ainda a figura do capitão de aldeia, leigo, que administrava o poder temporal e repartia os índios aldeados para os trabalhos demandados pelos colonos. As queixas dos moradores de São Paulo em 1606 foram no sentido de contestar o que consideravam poder excessivo dos jesuítas; já as queixas de 1612 acusavam os padres da Companhia de não respeitarem a lei de 1611 e estimularem os índios a desobedecer aos colonos e aos capitães de aldeias.

Os embates, neste ano, giraram mais em torno da aldeia de Barueri, onde os padres jesuítas teriam assumido o poder sonegando os índios aos colonos. Lembremos que esta aldeia deveria estar no espólio de Francisco de Souza, e simboliza bem como seu desaparecimento desestabilizou uma relação que já estava tensionada.

Segundo Stuart Schwartz, a lei de 1609 causou ameaças de tumultos no Rio de Janeiro, verdadeiras revoltas na Bahia e cartas queixosas na Paraíba, que relatavam ser esta lei muito influenciada por Castela e de pouca aplicação no Brasil. De qualquer modo, isso mostra que a rebeldia nunca foi uma exclusividade de São Paulo. [Página 41]