Em 1572, a última fortaleza Inca foi conquistada e o último governante, Túpac Amaru, filho de Manco, foi capturado e executado. Isso acabou com a resistência à conquista espanhola sob a autoridade política do Estado Inca. Após a queda do Império Inca, muitos aspectos da cultura inca foram sistematicamente destruídos, incluindo seu sofisticado sistema de cultivo, conhecido como modelo de agricultura de arquipélago vertical.

As autoridades coloniais espanholas usaram o sistema de trabalho inca da mita, um tipo de corveia, para fins coloniais, às vezes brutalmente. Um membro de cada família era forçado a trabalhar nas minas de ouro e prata, a principal das quais era a titânica mina de prata em Potosí. Quando um membro da família morria, o que geralmente acontecia dentro de um ou dois anos, a família era obrigada a enviar um substituto.