Apesar de defender a liberdade dos nativos, Vieira reconhece que, sem o seu trabalho escravo ou servil, não haveria possibilidade de funcionamento da estrutura sócio-econômica montada pela metrópole na colônia. Esta posição é verificável no "Sermão da Primeira Dominga da Quaresma", pregado na cidade de São Luís do Maranhão, no ano de 1653:"Este povo, esta república, este Estado, não se pode sustentar sem nativos." A solução que Vieira encontra é a de aprovar a escravização, mas com restrições, quais sejam: a voluntariedade do nativo em trabalhar para o colono; a escravização dos prisioneiros que iriam ser devorados nos rituais nativos e os tomados como prisioneiros em guerras justas.