Em 1661, Balthazar Fernandes, o fundador de Sorocaba, manda construir a Igreja de Nossa Senhora no local onde hoje é o mosteiro de São Bento, legando-a aos padres Beneditinos do parnaíba, pois ele era bandeirante que com toda sua fazenda e escravizados veio de Parnaíba para Sorocaba. A nova matriz teve o início de sua construção em 1770 e em 1773 foi solenemente inaugurada.