No ano seguinte (1640), Frei Francisco dos Santos chegou em São Paulo, acompanhado pelos Freis Manuel dos Martires, Salvador do Nascimento, Pedro da Piedade, João da Cruz e os irmãos leigos Simão de Salvador e José de Santo Antônio. Os religiosos estabeleceram residência em casas localizadas defronte da Ermida de Santo Antônio, onde celebraram missas e administraram sacramentos. No dia de Santo Antônio mudaram-se para um recolhimento provisório.