Uma das razões por que Nóbrega se decidiu ir para a Capitania de São Vicente foi por ter enfrentado certa animosidade por parte do Bispo Pedro Fernandes Sardinha (2000:132-4, 150, 178 e 192; LEITE, 2004-I:17). Especialmente em carta escrita da Bahia a 5 de julho de 1559 (2000:322), ele entremostra sua decepção com o comportamento do Bispo e com a devassidão e fuga dos deveres dos demais clérigos, para declarar que “vendo eu isto logo em seu princípio, cuidei de dor perder o siso, e assim como desesperado de poder na terra nem com os cristãos nem com o gentio fazer fruto, me fui com V.M. a SãoVicente, correndo a costa, desabrindo a mão de tudo”. Um dos pontos da desinteligência com Bispo dizia respeito à utilização de intérprete na confissão, que, segundo este, implicava em quebra do sigilo sacramental. ("A língua geral em São Paulo: instrumentalidade e fins ideológicos" 2005)