Devido ao povoamento disperso na região do município e a necessidade dos seus povoadores recorrerem à Vila de Parnaíba, à qual a região pertencia desde 1625, para suas necessidades religiosas e os registros de batismos, casamentos e óbitos, os moradores da região queriam uma capela ali. Então, entre 1649 e 1651, ergue-se uma igreja em louvor a Nossa Senhora do Desterro e, ao seu redor, forma-se o povoado de Jundiaí.