Aqui termina a vida pública de Lopo Dias, se a esses atos pode-se chamar vida pública, na pequenina vila de S. Paulo. Mas ainda ele aparece, como parte do povo, numa grande reunião, convocada pela Câmara de S. Paulo, cujos oficiais no ano de 1592, eram João de Prado e Pero Álvares, como juízes, Fernão Dias e Antônio Preto, como vereadores, e Alonso Peres como procurador do conselho, para tomar conhecimento da provisão do capitão-mor Jorge Correia, que mandava entregar as aldeias dos índios, na capitania de S. Vicente, aos padres da Companhia de Jesus.Compareceram a essa reunião 77 pessoas, das quais 72 votaram contra a deliberação de Jorge Correia, pois que a administração das aldeias deveria continuar a pertencer à Câmara, cabendo aos jesuítas a doutrinação dos índios, o que não se lhe impediu nem se devia impedir.Entre os 72 contrários à provisão de Jorge Correia estiveram Lopo Dias e o vigário Lourenço Dias (Atas da Câmara de S. Paulo, vol. 1º, pág. 446 e seguintes). Foi esse o primeiro choque ostensivo entre jesuítas e colonos, foi a ruptura franca, aberta, de uma luta latente que existia desde os princípios da capitania.