Em maio de 1564, os oficiais da câmara redigiram uma carta a Estácio de Sá, capitão-mor da armada do rei, estacionada em São Vicente, reclamando sua ajuda para enfrentar os índios tamoios que ameaçavam a vila.

Falavam da importância de São Paulo, seja para a criação de gado e o abastecimento de São Vicente, seja pelo papel do mosteiro de São Paulo, da Companhia, e seu trabalho missioneiro. Ressaltavam que a capitania de São Vicente estava na fronteira, “entre duas gerações de gente de várias qualidades e forças que há em toda a costa do Brasil como são os tamoios e tupiniquins”, e que era constantemente ameaçada e cercada por inimigos.

Lembravam com pesar a morte de homens brancos que haviam perecido no sertão, como Francisco de Serzedo e João Fernandes. Por fim, constava um alerta com tom de ameaça: se não fossem socorridos, abandonariam a vila. A ameaça não foi, como sabemos, verdadeiramente cumprida, e os moradores não só reagiram como, mais tarde, partiram para a ofensiva.