Em 1601 Dom Francisco retornou a São Paulo, donde embarcava (descendo a Santos) para a Espanha cêrca de 1605, sem retornar a Bahia como Governador, por haver sido substituído nesse interim.[1]

esteretornou efetivamente a Europa em 1606, indo a Valladolid iniciar suas articulaçõespolíticas e série de petições. Além de reverter as suspeitas que incidiam sobre ele,visava implantar seu projeto de criar uma repartição separada em que fosse ogovernador e tivesse livre ação [2]