Conhecidos os motivos que trouxeram D. Francisco de Sousa ao sul do seu governo, é evidente que ele não poderia ter sido rigoroso no cumprimento do humano alvará, e que faria vista grossa ao seu conteúdo, pois que sendo o cativeiro do índio o lucro imediato do bandeirante, tornar efetiva a proibição seria dificultar, senão impedir as pesquisas, as investigações das minas que ele ansiava por descobrir. Ao contrário, não só não se esforçou para o cumprimento desse alvará, como mandou, protegeu, ajudou, fomentou as entradas ao sertão. Em outubro de 1599 já tinha ido examinar o ouro em Jaraguá, Bituruna, Monserrate e Biraçoiaba.