Fundada com o nome original de Fábrica Brasileira de Alpargatas e Calçados, pelo escocês Robert Fraser, oriundo da Argentina, em associação com uma indústria inglesa. Robert Fraser havia criado fábricas de Alpargatas na Argentina e no Uruguai.

Iniciou suas produções no distrito da Mooca, em São Paulo. Já em 1909, a empresa - com o nome de São Paulo Alpargatas Company S.A. - encontrava o sucesso na venda de seus produtos graças à utilização das sandálias e lonas na produção cafeeira.

Na década de 1930, o controle acionário da São Paulo Alpargatas foi transferido para a empresa argentina. No entanto, em 1982, após um gradativo processo de nacionalização do capital iniciado em 1948, a São Paulo Alpargatas deixou de ter participação argentina e passou para ao controle do Grupo Camargo Corrêa, seu maior acionista.

Superando inúmeras dificuldades ao longo dos cem anos, a companhia tornou-se uma das maiores indústrias calçadistas do Brasil. Em outubro de 1999, adquiriu mais de 3% da Alpargatas Argentina, sua antiga controladora, passando a ser a maior calçadista da América do Sul, e em abril de 2013 comprou a totalidade das ações da subsidiária argentina e com isso passou a ter 100% da empresa.

Em 2012, a Alpargatas muda sua logomarca. A modernização do logotipo atende à estratégia de crescimento da companhia. Em 2 de Novembro de 2015, a Alpargatas vende as marcas Topper e Rainha para grupo liderado por Carlos Wizard Martins por 48,7 milhões de reais.

No mês de novembro de 2015, o grupo Camargo Correa a vendeu ao conglomerado J&F Investimentos, dona da companhia de alimentos JBS por 2,67 bilhões de reais. Em 12 de julho de 2017, as empresas Cambuhy Investimentos e Brasil Warrant (ambas de propriedade da família Moreira Salles) e a holding Itaúsa fecharam a compra da Alpargatas por 3,5 bilhões de reais. A aquisição foi aprovada pelo Conselho Administrativo de Defesa Econômica ainda em 2017.