Em 1601 Dom Francisco retornou a São Paulo, donde embarcava (descendo a Santos) para a Espanha cêrca de 1605,sem retornar a Bahia como Governador, por haver sido substituído nesse interim. Como se sabe, foi êle quem animou os bandeirantes oficialmente em suas grandiosas emprêsas, numadas quais faleceu Afonso Sardinha, o Moço, em 1604, enquanto -o seu velho pai falecia na sua casa pouco depois de 1616, .0primeiro, assistido pelo padre João Álvares, o segundo, peloSjesuítas do Colégio, herdeiro êste de seus haveres