Em 25 de abril de 2014, um mês após ter prestado depoimento de seu envolvimento em sessões de tortura à Comissão Nacional da Verdade, Malhães foi encontrado morto em sua casa em Nova Iguaçu.[5] Foram encontradas marcas de asfixia em seu rosto e pescoço. Em depoimento prestado à polícia pela esposa do coronel, Cristina, ela,o marido e o caseiro do sítio foram rendidos por três homens encapuzados. Um deles teria rendido Cristina, outro, imobilizou o caseiro e o terceiro levou Malhães para um quarto.[6] Um computador, uma impressora e três armas antigas da coleção do coronel foram roubadas.Duas hipóteses foram consideradas pela polícia: latrocínio e queima de arquivo.[7] A notícia de sua morte foi publicada em um site ligado a ex-militares acusados de torturas e mortes durante a ditadura, antes de ser tornada pública por qualquer órgão de imprensa brasileiro.[8]