Em vez de participar de missões na Europa e no Oriente, ele teria optado por desbravar novos mundos. A presença de São Tomé na região vem de relatos escritos por jesuítas portugueses que chegaram entre 1502 e 1506. Os religiosos encontraram os índios guaranis com idéias monoteístas e noções de catolicismo. Os ensinamentos eram atribuídos pelos guaranis a um tal de Pai Sumé, descrito por eles como um homem alto de barbas brancas e roupas de linho e cinto de couro. Seria, segundo jesuítas, o apóstolo Tomé.
O homem é o que conhece e ninguém pode amar aquilo que não conhece. Uma cidade é tanto melhor quanto mais amada e conhecida por seus governantes e pelo povo.