A administração portuguesa da região oeste da Capitania de São Vicente foi iniciada em 12 de outubro de 1580, com a concessão nessa data, pelo capitão-mor Jerônimo Leitão, de sesmaria, no sítio de Carapicuíba, aos índios da Aldeia de Pinheiros (fundada em 1560). Pouco depois, foram doadas aos jesuítas a fazenda de Carapicuíba em 1615 e a sesmaria M´boy (Embu) em 1624, que fizeram parte dos 12 aldeamentos indígenas da Capitania (depois Província) de São Paulo: Pinheiros, Carapicuíba (desativada em 1698), Barueri, São Miguel, M´Boy, Itariri (fundado em 1837), São João Batista (fundado em 1843), Piraju (fundado em 1860),Queluz, Itaquaquecetuba, Escada e Tijuco Preto (fundado em 1865)[1]
A data de fundação de São Miguel é incerta e controversa. A teoria que aponta a data mais antiga informa o ano de 1560, quando da visita de José de Anchieta aos índios guaianases, que haviam fugido da Vila de São Paulo de Piratininga quando esta sofreu a chegada de índios vindos da extinta Vila de Santo André da Borda do Campo.[1]
Possuía uma data de terra que foi registrada na capitania de São Vicente em 3de 9 de 1635 e que mais tarde deu origem à cidade de Ferraz de Vasconcelos.Essa data de terra se localizava na região da vila de Itaquaquecetuba, fundadapelo padre José de Anchieta em 1560. Essa vila foi um aldeamento de índios Guaianases que haviam sido trazidos das aldeias de Carapicuiba e Guarapiranga; uma parte dos índios desse aldeamento foi, em 1622, transferida para o aldeamento de São Miguel, onde havia uma igreja nova. Em 1624, o padre João construiu uma capela em honra a Nossa Senhora da Ajuda com o restante dos índios que haviam ficado no aldeamento. Em 1635 fundou um aldeamento chamado Capela Curada de Nossa Senhora da Ajuda de Itaquaquecetuba [2]