Filipe, em 9 de dezembro, atravessou a fronteira, entrou em Elvas, onde se demorou dois meses recebendo nesta sua visita os cumprimentos dos novos súbditos, sendo um dos primeiros que o veio saudar o duque de Bragança. A 23 de fevereiro de 1581 saiu de Elvas, atravessou triunfante e demoradamente todo o país, e a 16 de março entrou em Tomar, para onde convocara cortes, e ali distribuiu as primeiras recompensas, e ordenou os primeiros suplícios e confiscos, e recebeu a noticia de que todas as colónias portuguesas haviam reconhecido a sua soberania, exceptuando a ilha Terceira, onde se arvorara a bandeira do prior do Crato, que fora ali jurado rei de Portugal a 16 de abril de 1581. Nessas cortes prometeu Filipe II respeitar os foros e as isenções de Portugal, e nunca lhe dar para governador senão um português ou um membro da família real. Entendendo que devia demorar-se algum tempo no território português, expediu de Lisboa as tropas que subjugaram, depois de porfiada luta, a resistência da ilha Terceira, em que D. António fora auxiliado pela França, e só partiu para Espanha, quando a vitória naval de Vila Franca, em que o marquês de Santa Cruz destroçou a esquadra francesa em 26 de julho de 1582, lhe garantiu a definitiva submissão da referida ilha. Nomeando para vice-rei de Portugal seu sobrinho, o cardeal-arquiduque Alberto, e depois lhe ter agregado um conselho de governo, e de ter nomeado os membros do conselho de Portugal, que devia funcionar em Madrid, partiu finalmente a 11 de fevereiro de 1583 para Espanha. A 29 de agosto conquistava o marquês de Santa Cruz a ilha Terceira. A nova monarquia hispano-lusitana era opulentíssima; abrangia na Europa toda a península ibérica, Nápoles, Sicília, Milão, Sardenha e Bélgica actual; na Ásia as feitorias portuguesas da Índia, da Pérsia, da China, da Indochina, e a da Arábia; na África: Angola, Moçambique, Madeira. Cabo Verde, S. Tomé e Príncipe, Canárias, toda a América menos algumas das Antilhas, parte dos actuais Estados Unidos e o Canadá, e urnas porções de terrenos na Guiana; na Oceânia tudo o que então havia conhecido e pertencente aos europeus. Nenhuma outra nação ali fora ainda assentar domínio. As Molucas eram a parte mais importante dessas possessões.