"1532 - "Capela da Madre de Deus" - junto ao Engenho do mesmo nome - fundadapor Pero de Góes.
1540 - "Capela de Santa Catharina" - junto ao outeiro do mesmonome - primeira capela propriamente santista - fundada por Luís de Góes e suamulher, d. Catharina de Andrade e Aguillar.
1562 - "Capela de Nossa Senhora da Graça" - Em Santos - fundada por José Adorno e sua mulher, d. Catharina Monteiro.
1568 - "Capela de Nossa Senhora do Desterro" - no morro do Desterro, atual S. Bento - fundada por mestre Bartholomeu Fernandes Gonçalves (o Ferreiro). Em1650 foi nela fundada a igreja de S. Bento.
1585 - "Igreja do Colégio" - fundadapelos jesuítas, junto ao Colégio da Vila. Passou a exercer funções de Matriz, emsubstituição à de Santa Catharina, em
1591, depois do saque e depredação deThomás Cavendish.
1599 - "Igreja de Nossa Senhora do Carmo" - com convento. Fundada, parece, por frei Domingos Freire e outros carmelitas, os mesmos que, chegados em
1580, haviam se recolhido provisoriamente à capela de Nossa Senhorada Graça.
1603 - "Capela de Nossa Senhora do Monte Serrate" - fundada por d. Francisco de Sousa, no alto do morro de São Jerônimo, depois Monte Serrate.
1641 -"Igreja de Santo Antônio" - fundada por frei Pedro de S. Paulo e seus companheiros:frei Manoel dos Santos, frei Francisco de Coimbra, frei Bernardino da Purificação, frei Thomás da Madre de Deus, e os leigos: frei Domingos dos Anjos e frei Antôniode S. José, todos franciscanos.
1650 - "Mosteiro de S. Bento" - Igreja e convento, fundada pelos frades beneditinos, sobre a antiga capela do Desterro, em terras ecapela doadas por Bartholomeu Fernandes Mourão, neto do
