O novo e longo período de seu segundo governo, iniciado em 11 de junho de 1623, distinguiu-se por uma série de iniciativas. Foi projetada a construção da nova Casa da Câmara e Cadeia, na Várzea. Fez-se a primeira tentativa para captação e canalização das águas do rio Carioca para abastecimento da cidade. Foi reconstruído o Forte de Nossa Senhora da Guia da Barra, atual Fortaleza de Santa Cruz, à entrada da barra. No lugar do antigo Fortim de Santa Cruz, obsoleto, foi erguida a primitiva Igreja de Santa Cruz dos Militares. Criou as povoações de São Pedro da Aldeia, junto a Cabo Frio, e a de Angra dos Reis, em frente à Ilha Grande. Concedeu sesmarias nas terras dos Campos dos Goitacazes, iniciando o povoamento da antiga Capitania de São Tomé ou Capitania da Paraíba do Sul.