Antiga povoação fundada em território compreendido na sesmaria concedida, em 1560, a Bráz Cubas. Foi elevada à Vila, por provisão do Governador - Geral D. Luiz de Souza, em 17 de agosto de 1611, com a denominação de Santa Ana das Cruzes de Mogi. Foi instalada a 1º de setembro de 1611, sendo a solenidade presidida pelo capitão da Capitania, Gaspar Coqueiro, representante oficial do governador. Em 1º de setembro de 1671 foi criado o município, através de um alvará. A Lei nº 5, de 13 de março de 1855, elevou-se à cidade, sendo posteriormente elevada à comarca em 10 de abril de 1874. Como município, foi criado com a freguesia de Santa Ana de Mogi das Cruzes. A origem do nome prende-se à palavra indígena "boygi", que significa "Rio das Cobras", nome que se atribuía ao Rio Tietê. De "boygi" passou a Mogi, sendo acrescentado "das Cruzes" devido à possível existência de três cruzes no adro da Igreja local.