Obstáculos e dificuldades, comuns às navegações, tornavam enormes osdesafios para se fazerem chegar à Terra Santa os bens recolhidos. Tempestades, naufrágios, ataques de navios corsários estrangeiros, tributações extorsivas, doenças e pestes. Alguns desses infortúnios estão registrados em documentosreunidos no Fundo Hospício da Terra Santa / ANTT. Entre eles a declaração dofrei João de Santa Martha, de 24 de setembro de 1810:[. ] aconteceu na derrota de Chippre para Jaffa naufragar aembarcação do nosso transporte na Costa de Tripoli de Soria, onde além da perda de toda a nossa roupa, papeis, eencomendas morreu afogado o Fr. Joaquim da Incarnação, edesapareceu huma caixa incluindo o dinheiro destinado para osSanctuarios, o que restava para as despezas de Jerusalém para Lisboa, e quatro Contos seis centos setenta e dous mil reispertencentes à Conducta; [. ] (PT/TT/HTS