Pelo ano de 1557, a Donatária (viúva de Pero Lopes) tornou Antônio [Roriz] Rodrigues de Almeida, Capitão-mor de Santo Amaro de Guaíbe, conforme procuração lavrada em Lisboa, à 22 de Julho daquele ano. Outro que teria sido designado Capitão-mor da Capitania Santo-amarense, foi Jorge Pires. No período de 1562 e 1579, vigora enquanto Capitão-mor e ouvidor Antônio [Roriz] Rodrigues de Almeida. Meramente engano e falta de conhecimento da situação e correta demarcação do território foram as causas que introduziram a Capitania de Santo Amaro num longo litígio familiar. Esta posse das terras esteve cercada de muitas dissensões entre os pleiteantes da Capitania Santo-amarense e os legatários de Pero Lopes de Souza. As informações geográficas obtidas seriam tão incertas e confusas, que originaram em demoradas demandas judiciais envolvendo os beneficiários de Martim Afonso e Pero Lopes. Como foram feitas várias doações além dos entendidos limites territoriais e outras tantas nomeações, principalmente por Antônio [Roriz] Rodrigues de Almeida e outros administradores, fizeram-se reclamantes os demais herdeiros. Aparece como donatária da Capitania de Santo Amaro de Guaíbe, a irmã de Pero Lopes e Martim Afonso, D. Jerônima de Albuquerque Souza (viúva de D. Antônio de Lima). Em 1577 assumiu a filha desta, D. Isabel de Lima de Souza e Miranda, esposa de André de Albuquerque. Nesse mesmo ano (1577) exercia o mando da Capitania, Lourenço da Veiga, o qual substabeleceu a Salvador Correia de Sá, que concedeu sesmarias pela Capitania de Santo Amaro.