Denota-se que, ainda aí chamavam-lhe "Ilha de Guaíbe", sendo somente dita Capitania de Santo Amaro de Guaíbe a partir da carta de nomeação (1542) do Locotenente e Ouvidor de D. Isabel de Gambôa, esposa e tutora dos dois filhos de Pero Lopes. Com o desaparecimento de Pero Lopes, e consequente morte num naufrágio na altura de Madagascar (1542), herdaram posse Pedro Lopes de Souza, o filho primogênito. Depois sucedido pelo irmão Martim Afonso Sobrinho, ambos sob tutela de D. Isabel de Gamboa, então Donatária. Ocorre que devido ao precoce falecimento dos filhos, estes não deixaram descendentes, cabendo à D. Isabel de Gambôa toda herança, todavia perdeu-se a linha sucessória de herdeiros diretos. O vigário Gonçalo Monteiro administrou a Capitania e aqui distribuiu sesmarias.