A nova separação das atribuições entre o Rio de Janeiro e a Bahia, ocorrida em 2 de setembro de 1659, em auto de D. Luisa de Gusmão dotava a praça fluminense de mais autonomia frente a Francisco Barreto, acredito que muito por conta das desavenças entre as duas regiões em anos anteriores.

Talvez, a própria concessão de liberdade a Salvador de Sá também demonstrava a coroa portuguesa que estava disposta a permissividade de sua sombra em prol de futuros ganhos que o mesmo poderia oferecer. Por conta disso, Salvador de Sá passava ter a jurisdição das capitanias do Espírito Santo a Bahia.

“Auto que se fez em presença do governador do Brasil, Francisco Barreto, do Governador do Rio de Janeiro e das Capitanias do sul, Salvador Correia de Sá e Benavides, dos mestres de campo, João de Araújo e Nicolau Aranha Pacheco, e dos tenentes de mestre de campo, general Pedro Gomes e Antonio de Brito e Castro sobre a separação dos governos de Francisco Barreto e de Salvador Correia de Sá e Benavides” [Arquivo Histórico Ultramarino, Bahia (Luisa da Fonseca, Documento 1743)]

Auxiliou com pessoal e dinheiro as despezas das descobertas de minas, quando cm 1659 o referido Salvador Corrêa de Sá e Benevides, nomeado administrador geral das minas de ouro e de prata, reunidamente com o governo das três capitanias — Espirito Santo, Rio de Janeiro e S. Vicente, chegou á villa de S. Paulo, trazendo-lhe uma carta do El-Rei D. Joáo IV (*) para que lhe desse ajuda e favor.