Em outubro, os 16 navios partiram, finalmente, rumo ao Estreito de Magalhães para o cumprimento da missão, mas umtemporal barrou sua passagem na foz do rio da Prata, obrigando-os a retroceder para ailha de Santa Catarina após terem perdido mais um navio. De lá, três naus teoricamenteavariadas se desprenderam da armada e se dirigiram a São Vicente para os reparosnecessários. Segundo a análise do padre Pastells, baseado fundamentalmente emGamboa, Valdés “embarco a los pobladores em tres naos, que fingió inutiles paranavegar y los envio atras, al puerto de San Vicente.