Fernão possuía uma grande fazenda na região das margens do rio Pinheiros, "cujas terras de matos e campos chegavam até a ribeira do Ypiranga, compreendendo a distância duma légua", nas proximidades da vila de São Paulo. Foi "em Santo André como em São Paulo, uma das pessoas de maior respeito e das primeiras do governo da república, cujos cargos ocupou repetidas vezes, como se vê dos livros da câmara de São Paulo". No ano de 1590, exerceu o cargo de juiz ordinário na vila de São Paulo. Após a morte de sua primeira mulher, Helena Teixeira, Fernão casou com sua sobrinha, Lucrécia Leme.