Designado em 10 de outubro de 1866 para o comando das forças brasileiras, o marechal Luís Alves de Lima e Silva, [15] marquês e, posteriormente, Duque de Caxias. Assumiu suas funções em Tuiuti, em 19 de novembro, encontrando o exército praticamente paralisado. Os contingentes argentinos e uruguaios vinham sendo retirados aos poucos do exército dos aliados, assolado por epidemias. Desentendimentos entre Venâncio Flores (Uruguai) e Mitre (Argentina) e problemas internos fizeram ambos se retirarem do combate e voltarem a seus países, deixando o Brasil praticamente sozinho. Tamandaré foi substituído no comando da esquadra pelo almirante Joaquim José Inácio, futuro visconde de Inhaúma. Paralelamente, Osório organizou um 3. º corpo de exército no Rio Grande do Sul, com mais de cinco mil homens. [15] Na ausência de Mitre, Caxias assume o comando geral e providenciou a reestruturação do exército.