Oficialmente, Iguape foi fundada em 3 de dezembro de 1538. A data de fundação atual foi estabelecida em 1938, pelo então prefeito, Manoel Honório Fortes, o qual incumbiu uma comissão de historiadores paulistas, presidida pelo ilustre Afonso d´Escragnolle Taunay, para estabelecerem a data provável da fundação, sendo aceito o dia 3 de dezembro de 1538, baseados em documentos históricos que usam como referência a data de separação de Iguape e Cananeia. A real data da fundação do município é desconhecida. Alguns historiadores chegam a acreditar que já havia europeus vivendo na região mesmo antes do descobrimento do Brasil por Pedro Álvares Cabral.
Remonta a 1577 a data em que o povoado foi elevado à categoria de freguesia, com o nome de "Freguesia de Nossa senhora das Neves da Vila de Iguape", quando foi aberto o primeiro livro do tombo da Igreja de Nossa Senhora das Neves, construída no local conhecido por "Vila Velha", no sopé do morro chamado de "Outeiro do Bacharel", defronte à Barra do Icapara. Não se sabe, ao certo, a data de elevação a vila, porém, acredita-se que tenha sido entre 1600 e 1614. Neste último ano, foi iniciada a construção da antiga Igreja Matriz, já no local atual, no centro urbano, após a mudança da então freguesia, ordenada pelo fidalgo português Eleodoro Ébano Pereira. A vila foi elevada a cidade pela Lei Número Dezessete de 3 de abril de 1848 com o nome de "Bom Jesus da Ribeira", mas, no ano seguinte, pela Lei Número Três de 3 de maio, foi modificado o nome para "Bom Jesus de Iguape". Posteriormente, o costume popular simplificou-o para "Iguape".
Em 1494, foi firmado um acordo entre Portugal e Espanha estabelecendo a exata dimensão de suas posses nas terras recém descobertas. A partir desse momento histórico, o Tratado de Tordesilhas fixaria os limites territoriais de portugueses e espanhóis, inclusive nas terras americanas. O tratado definia como linha de demarcação o meridiano 370 léguas a oeste da Ilha de Santo Antão no arquipélago de Cabo Verde. O referido meridiano passava sobre Iguape,[1] ao sul, o limite era o Rio da Prata; a leste, o Oceano Atlântico, e a oeste a Província de Tucuman, atualmente pertencente à Argentina. Outro limite era a cidade de Santa Cruz de la Sierra, elevada à província e desmembrada do Paraguai pelo Marquês de Cañete.
O pouco que se sabe sobre as origens de Iguape é que chegou à região, por volta do ano 1502, trazido pela expedição de Américo Vespúcio, uma figura obscura da história brasileira, o degredado português Cosme Fernandes, conhecido como "Bacharel de Cananeia". O Bacharel tornou-se uma figura poderosa na região, vindo a possuir muitos escravos e não prestando obediência à coroa portuguesa. Por esses tempos - possivelmente desde 1498 - também ali vivia o aventureiro espanhol Ruy Garcia Moschera, a quem é oficialmente atribuída a fundação do município. Moschera vivera anteriormente no Rio da Prata e se instalara ali possivelmente por ser aquela uma região de disputa entre Espanha e Portugal, visto que se encontrava próxima à linha do Tratado de Tordesilhas, que havia sido ratificado havia poucos anos e cuja demarcação correta ainda não estava estabelecida.
Registros históricos dão conta de que, em 1532, pouco depois de chegar ao Brasil, Martim Afonso de Sousa ordenara a desocupação por Moschera e pelo bacharel do território onde hoje está Iguape, que pertenceria à coroa portuguesa. Não sendo atendido, ordenara uma expedição chefiada por Pero de Góis que deveria executar a desocupação à força. A essa altura, informados sobre a expedição, Moschera e o bacharel, apoiados por duzentos indígenas flecheiros, capturaram um navio corsário francês que, pouco antes, aportara em Cananeia em busca de provisões, apoderando-se de suas armas e de suas munições.
Em seguida, fizeram cavar uma trincheira em frente à povoação de Iguape, no sopé do morro conhecido por "Outeiro do Bacharel", guarnecendo-a com quatro das peças de artilharia do navio francês. Na sequência, dispuseram vinte espanhóis e 150 indígenas emboscados no manguezal do Mar Pequeno, subindo a foz da Barra do Icapara, aguardando a força portuguesa. Esta, composta por oitenta homens, ao desembarcar foi recebida sob o fogo da artilharia, sendo desbaratada. Na retirada, os sobreviventes foram surpreendidos pelas forças espanholas, emboscadas na foz da barra do Icapara, onde os remanescentes pereceram, sendo gravemente ferido o seu capitão, Pero de Góis, por um tiro de arcabuz.
Em contrapartida, entre os anos de 1534 e 1536, ao lançar um contra-ataque que ficou conhecido como a Guerra de Iguape, as forças de Moschera e do Bacharel destruíram a vila de São Vicente, matando a maior parte da população, libertando os prisioneiros e incendiando o cartório onde estavam os registros oficiais do município, levando inclusive o Livro do Tombo, fonte oficial de informação sobre a região de Iguape e sobre seus fundadores. Após os ataques, ambos teriam fugido para a Ilha de Santa Catarina, tendo Moschera retornado ao rio da Prata e o Bacharel Fernandes para Cananeia.
A povoação de Iguape continuou sob o domínio do bacharel Fernandes e teve sua primeira igreja, em homenagem a Nossa Senhora das Neves, construída em 1537. Após alguns anos de existência onde hoje está a vila de Icapara, a falta de água potável, a falta de espaço para expansão e eventuais ataques piratas levaram à transferência da então Freguesia de Nossa Senhora das Neves de Iguape do seu local original para outra área alguns quilômetros ao sul, entre os anos 1620 e 1625, por ordem do fidalgo português Eleodoro Ébano Pereira, onde, atualmente, situa-se o centro urbano do município, em uma sesmaria cedida pelo donatário Francisco Alvares Marinho, sendo o termo de doação assinado em 2 de julho de 1679 por Francisco Pontes Vidal e Manoel da Costa, herdeiros de Cosme Fernandes.
Ainda no século XVI, foram descobertos os primeiros sinais de ouro na região. Devido à sua abundância, a procura logo se intensificou e rapidamente a exploração do ouro de aluvião se tornou a principal atividade econômica do município. Conta-se que, nesse período, a riqueza era tamanha que as mulheres enfeitavam seus cabelos com ouro em pó. Para evitar o contrabando e intensificar a cobrança de impostos pela coroa portuguesa, foi fundada, por volta de 1630, a Casa de Oficina Real de Fundição de Ouro, que é considerada, por alguns historiadores, como a primeira do gênero no Brasil. No casarão onde funcionava a fundição, hoje está o museu do município. Outros casarões que, hoje, fazem parte do centro histórico do município, também são dessa época.
Com o esgotamento das minas e com o descobrimento de ouro no interior do Brasil, especialmente em Minas Gerais, o município rapidamente entrou em declínio, voltando depois a crescer com o desenvolvimento da indústria de navegação e com a plantação de arroz.
Em 29 de abril de 1911, o município de Iguape, representando o Brasil na Europa, conquistou o diploma de honra internacional de melhor produtor de arroz do mundo, disputado em Turim, Itália. Trata-se de uma placa de bronze, em alto relevo, conseguida na Primeira Exposição Internacional de Turim,[9] realizada entre os meses de abril e outubro de 1911, em comemoração do cinquentenário do Reino de Itália, em um evento extraordinário que chamou a multidão de milhares de visitantes, com presença do rei Vítor Emanuel III, dos monarcas, das mais altas autoridades do reino e os representantes de vários países, inclusive o Brasil que possuía dois pavilhões de exposições, localizado as margens do rio Pó. Nele, vê-se escrito em italiano: Diploma d´onore, Torino MCMXI, Esposizione Internazionale delle Industrie e del Lavoro (Diploma de honra, Turim, 1911, Exposição Internacional da Indústria e do Trabalho). O prêmio está assinado pelo escultor Edoardo Rubino, e encontra-se exposto ao público no Museu Municipal.
